kazumaxneo https://blog.hatena.ne.jp/kazumaxneo/ macでインフォマティクス https://kazumaxneo.hatenablog.com/ nextflow 2024 Genome Biology pan-genome docker 分子系統樹 2024/09/03 追記, 9/５追記 微生物パンゲノム解析は、原核生物ゲノム中の遺伝子の有無を同定する。しかし、現在のツールでは、配列の多様性が高い種や、属や科のような分類学上の上位の種を解析する場合には限界がある。Roary ILP Bacterial core Annotation Pipeline (RIBAP)は、コア遺伝子を同定するためにRoaryが予測した遺伝子クラスターを改良する整数線形計画法（integer linear programming approach）を用いている。RIBAPは、クラミジア、クレブシエラ、ブルセラ、エンテロコッカスゲノムの複雑さと多様性をうまく処… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fkazumaxneo.hatenablog.com%2Fentry%2F2024%2F09%2F02%2F121425" title="細菌の種レベル以上でのパンゲノム計算のための包括的コアゲノムアノテーションパイプライン RIBAP - macでインフォマティクス" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> https://cdn-ak.f.st-hatena.com/images/fotolife/k/kazumaxneo/20240902/20240902090503.png Hatena Blog https://hatena.blog 2024-09-02 12:14:25 rich https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2024/09/02/121425 1.0 100%