kazumaxneo https://blog.hatena.ne.jp/kazumaxneo/ macでインフォマティクス https://kazumaxneo.hatenablog.com/ docker 2024 Genome Research bacterial annotation 細菌ゲノムは、遺伝子含有量と配列変異の両方において異なっており、抗菌薬に対する感受性やワクチン誘発免疫の変異など、広範な表現型の多様性の根底にある。重要な変異を同定し定量化するためには、集団内のすべての遺伝子を予測し、機能アノテーションを行い、「パンゲノム 」としてクラスタリングする必要がある。ゲノムデータは大量にあるにもかかわらず、遺伝子の予測やアノテーションは個々のゲノムに対して個別に行われており、計算効率が悪く、ゲノム間で一貫性がないことが多い。ggCallerは、遺伝子予測、機能アノテーション、クラスタリングを、集団全体のde Bruijnグラフを用いた単一のワークフローに統合すること… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fkazumaxneo.hatenablog.com%2Fentry%2F2024%2F10%2F21%2F060324" title="グラフベースのパンゲノムアノテーションとクラスタリングを行う ggCaller - macでインフォマティクス" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> https://cdn-ak.f.st-hatena.com/images/fotolife/k/kazumaxneo/20241021/20241021064757.png Hatena Blog https://hatena.blog 2024-10-21 06:03:24 rich https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2024/10/21/060324 1.0 100%