kazumaxneo https://blog.hatena.ne.jp/kazumaxneo/ macでインフォマティクス https://kazumaxneo.hatenablog.com/ 2024 Bioinformatics 高速なツール eukaryotic genome annotation ab initio gene prediction Singularity 25年以上にわたり、学習ベースの真核生物遺伝子予測は、DNA配列を直接入力する隠れマルコフモデル（HMM）によって駆動されてきた。最近、HolstらはHelixerを用いて、深層学習とHMMポストプロセッサーを組み合わせることでab initio真核生物遺伝子予測の精度が向上することを示した。本著者らは、畳み込み層と長期短期記憶層を微分可能なHMM層とエンドツーエンドで統合した、新しい深層学習ベースのab initio遺伝子予測器であるTiberiusを発表する。Tiberiusはカスタムの遺伝子予測損失を使用し、哺乳類ゲノムの予測用にトレーニングされ、ヒトと他の2つのゲノムで評価された。Ti… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fkazumaxneo.hatenablog.com%2Fentry%2F2025%2F05%2F03%2F195243" title="ゲノム配列から高精度なab initioの遺伝子構造予測を行う Tiberius - macでインフォマティクス" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> https://cdn-ak.f.st-hatena.com/images/fotolife/k/kazumaxneo/20250503/20250503213559.png Hatena Blog https://hatena.blog 2025-05-03 19:52:43 rich https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2025/05/03/195243 1.0 100%