kazumaxneo https://blog.hatena.ne.jp/kazumaxneo/ macでインフォマティクス https://kazumaxneo.hatenablog.com/ tips BLAST NCBI 2026/01/24 文字修正 しばらく前から､NCBI BLASTサービスのデフォルトDBがCore nucleotide DBとCLusteredNRになりました｡データベースは年々加速度的に肥大化しており､検索速度を維持するための変更だと思われます｡Core nucleotide DBとCLusteredNRでは､よく似た配列を代表1個だけに間引いて作成されたDBで､HPの説明によると､ClusteredNRは相同性が90%かつ配列長90%以内でクラスターを作っていると書かれています。現在の公共DBには非常によく似た生物の配列が多数登録されていて配列冗長性が高まっているので､90%で丸め… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fkazumaxneo.hatenablog.com%2Fentry%2F2026%2F01%2F27%2F013454" title="生物種を指定してNCBI BLASTサービスを使用するときのTips - macでインフォマティクス" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> https://cdn-ak.f.st-hatena.com/images/fotolife/k/kazumaxneo/20260127/20260127012106.png Hatena Blog https://hatena.blog 2026-01-27 01:34:54 rich https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2026/01/27/013454 1.0 100%