kazumaxneo https://blog.hatena.ne.jp/kazumaxneo/ macでインフォマティクス https://kazumaxneo.hatenablog.com/ 2026 Bioinformatics Advances metagenome SRA metadata download NCBI 大規模な細菌比較ゲノム解析には、ゲノムアセンブリとその生物学的コンテキストを記述する包括的なメタデータが必要である。NCBI Genomeにはアセンブリが、BioSampleには採取日、宿主、場所などの重要なコンテキストフィールドが保存されているが、統合されていないため、研究者は2つのソースを手動で統合する必要があり、大規模な比較研究の速度が低下している。このギャップに対処するため、NCBI GenomeとBioSampleのレコードから細菌ゲノムメタデータを自動的に取得、統合、分析、視覚化するPythonベースのツールであるFetchMを開発した。FetchMは、NCBI Entrez AP… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fkazumaxneo.hatenablog.com%2Fentry%2F2026%2F05%2F08%2F064034" title="細菌ゲノムのメタデータを自動的に取得して分析する FetchM - macでインフォマティクス" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> https://cdn-ak.f.st-hatena.com/images/fotolife/k/kazumaxneo/20260508/20260508060559.jpg Hatena Blog https://hatena.blog 2026-05-08 06:40:34 rich https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2026/05/08/064034 1.0 100%