kazumaxneo https://blog.hatena.ne.jp/kazumaxneo/ macでインフォマティクス https://kazumaxneo.hatenablog.com/ NAR Genomics and Bioinformatics eukaryotic genome annotation automated pipeline 2026 fungi ab initio gene prediction NCBI 本稿では、広範な真核生物において安定して高品質な結果をもたらすよう設計された、新しいアノテーション・パイプライン「Eukan」を紹介する。第一に、実験的証拠を自動的に活用して予測を精緻化する。具体的には、RNA-Seqのリード・カバレッジ情報を一般化隠れマルコフモデル（GHMM）に基づく遺伝子予測に反映させ、イントロン長情報をタンパク質配列アラインメントに利用する。第二に、複数の情報源から得られた遺伝子予測に対し、経験的に最適化された重み付けを行うことでコンセンサス（合意）を生成する。第三に、コンセンサスには含まれていないものの、強力な転写産物による裏付けがあり、かつタンパク質をコードしている… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fkazumaxneo.hatenablog.com%2Fentry%2F2026%2F07%2F21%2F003841" title="研究が十分に進んでいない分岐した真核生物を対象とした自動化核ゲノムアノテーションパイプライン Eukan - macでインフォマティクス" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> https://cdn-ak.f.st-hatena.com/images/fotolife/k/kazumaxneo/20260720/20260720190924.png Hatena Blog https://hatena.blog 2026-07-21 00:38:41 rich https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2026/07/21/003841 1.0 100%