kazumaxneo https://blog.hatena.ne.jp/kazumaxneo/ macでインフォマティクス https://kazumaxneo.hatenablog.com/ Bioinformatics embedding plasmid 2026 UMAP 完全長配列が決定され、注釈・カタログ化される細菌プラスミドの数が増加したことにより、プラスミドを比較・分類する計算ツールの開発が促されている。既存の手法は、全長DNA配列（Mash、BLASTnなど）または翻訳されたオープンリーディングフレーム（ORF）（BLASTp、DIAMONDなど）を比較するのが一般的であり、プラスミドレベルのスコアはORF間の類似性を集約して得られる。しかし、これらの手法は近縁なプラスミドに限定されるか、大規模解析では計算量が大きくなる。本研究では、ORF間の類似性と遺伝子近傍の保存性の両方を捉えるword2vec表現を用いて構築したプラスミド検索ツール、pLAST（… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fkazumaxneo.hatenablog.com%2Fentry%2F2026%2F08%2F14%2F172123" title="word2vec embeddingで遺伝子構成や並びが似たプラスミドを探す pLAST - macでインフォマティクス" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> https://cdn-ak.f.st-hatena.com/images/fotolife/k/kazumaxneo/20260814/20260814151036.png Hatena Blog https://hatena.blog 2026-08-14 17:21:23 rich https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2026/08/14/172123 1.0 100%