menseki https://blog.hatena.ne.jp/menseki/ ・・・ https://menseki.hatenablog.jp/ 遺伝学 これまで私は、VCFを出力するケースといえば、リファレンスに対してリードをマッピングしてバリアントコーラーを走らせるという場合しか考えていませんでした。 一方で、アセンブルされた配列同士をアラインメントするときは、MummerやMinimap2を用いており、出力されるのは基本的にはアラインメント結果のファイルでした。 ここで、アラインメントの結果から、配列の異なる部分をVCF形式で出力する方法が必要になったので検索してみると、GATKにその機能があるようなので使ってみました（4.3.0.0以降？）。 VCFファイルを出力するためには、gatk CompareReferencesを使用します。今… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fmenseki.hatenablog.jp%2Fentry%2F2024%2F05%2F31%2F080000" title="アセンブルされた2つの配列を比較してVCFを出力する - ・・・" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> Hatena Blog https://hatena.blog 2024-05-31 08:00:00 rich https://menseki.hatenablog.jp/entry/2024/05/31/080000 1.0 100%