mi_mutsuki https://blog.hatena.ne.jp/mi_mutsuki/ あさっては曇りのち晴れ https://mi-mutsuki.hatenadiary.org/ 数値計算 前にもちょろっと出てきたかもしれないGromacs。Ubuntuの10.04だと最新の4.0.7がapt-get一発で入るので、ずぼらしてそっちをちまちまいじっていたのですが、改めてtarballを落としてきてmakeしたら、50%以上の速度向上。手元でコンパイルすると最適化でこんなに違うのね・・・ ついでにMPIバージョンも作りましたが、MDというのはやはり並列化しやすい計算らしく、何も考えずにmpirunしただけであっさりと速くなってくれました。4coreまで使ってみましたが、この程度ではアムダールさんの出番ではないようです。load imbalanceがどうこうとか出てたので、オプション… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fmi-mutsuki.hatenadiary.org%2Fentry%2F20100708%2F1278553994" title="aptで入れたGromacsは遅い? - あさっては曇りのち晴れ" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> Hatena Blog https://hatena.blog 2010-07-08 10:53:14 rich https://mi-mutsuki.hatenadiary.org/entry/20100708/1278553994 1.0 100%