MikuHatsune https://blog.hatena.ne.jp/MikuHatsune/ 驚異のアニヲタ社会復帰の予備 https://mikuhatsune.hatenadiary.com/ R 遺伝医学 数理モデル Rpackage Rを使いこなす J Hepatol. 2009 May;50(5):895-905 HBVの薬剤応答具合と逆転写酵素領域の配列の変化をモデル化して考えた論文。 治療開始後48週間後では、反応が良かった群で治療開始前の塩基配列と比べて複雑度と多様度が減少している、ということらしい。 その数理モデルをシミュレーションしてみる。 Complexity シャノンエントロピー クローン数が全部で個の配列で、配列がの割合で存在しているとすると と計算される。 Diversity Hamming距離 ベクトルのうち、異なる要素があればそこの距離を1にしてしまうやり方。 配列にしてしまえば、異なる文字であれば1にして、和をと… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fmikuhatsune.hatenadiary.com%2Fentry%2F20130404%2F1365068708" title="塩基配列上での変異とアミノ酸置換 - 驚異のアニヲタ社会復帰の予備" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> https://cdn-ak.d.st-hatena.com/diary/MikuHatsune/2013-04-04.png Hatena Blog https://hatena.blog 2013-04-04 18:45:08 rich https://mikuhatsune.hatenadiary.com/entry/20130404/1365068708 1.0 100%