MikuHatsune https://blog.hatena.ne.jp/MikuHatsune/ 驚異のアニヲタ社会復帰の予備 https://mikuhatsune.hatenadiary.com/ R Python 感染症学 Rを使いこなす 医学 グラム染色をしている。 グラム染色をしたあとで顕微鏡で観察し、写真をとる。 適当に画像を分割して菌体が観察できている視野を水増ししてdeep learning の学習データ用になんとかする。 こんな感じの画像が撮れる。 これは大腸菌を分離してグラム染色したものである。グラム染色的には陰性で、桿菌である。 この画像のうち、顕微鏡で覗いた感が満載の黒丸の内部の領域を100pix四方くらいの適当なサイズでたくさん切り出したい。 黒い部分は色データ的には低い値がはいっているので、x軸(y軸)の適当なところで線を引くとこんな感じになる。 ここで適当な閾値以上の値が連続している長さをrle 関数で取得し、… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fmikuhatsune.hatenadiary.com%2Fentry%2F20150718%2F1437198363" title="グラム染色画像の処理 - 驚異のアニヲタ社会復帰の予備" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> https://cdn-ak.d.st-hatena.com/diary/MikuHatsune/2015-07-18.jpg Hatena Blog https://hatena.blog 2015-07-18 14:46:03 rich https://mikuhatsune.hatenadiary.com/entry/20150718/1437198363 1.0 100%