oosakik https://blog.hatena.ne.jp/oosakik/ ウミガメバイオインフォ https://oosakik.hatenablog.com/ Amber 概要 リガンド-タンパク質の複合体の力場パラメータ（拡張子が.prmtop 、.inpcrd）を作成する。 環境 AmberTools19 タンパク質の準備 タンパク質についてはパラメータを作成する前にいくつか注意点がある 解像度は十分高いか 欠損残基はあるか：キャップを形成するかモデリングする必要を検討 欠損原子はあるか：leapで補強してくれるが、補強が原因で原子が重なってしまう可能性がある。 金属があるかどうか：新たに力場を準備する必要があるか検討する。 変異残基はあるか：leapでエラーが出る。変異残基の力場を準備する必要がある ジスルフィド結合はあるか：あればシステインの残基名を変更… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Foosakik.hatenablog.com%2Fentry%2F2019%2F11%2F19%2F144858" title="Amberで力場パラメータを作成する - ウミガメバイオインフォ" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> http://4.bp.blogspot.com/-RmyyiotHrZo/TbMKLXpRksI/AAAAAAAAAWU/Zt0ObNvpYzs/s400/his01.png Hatena Blog https://hatena.blog 2019-11-19 14:48:58 rich https://oosakik.hatenablog.com/entry/2019/11/19/144858 1.0 100%