rnakato https://blog.hatena.ne.jp/rnakato/ Palmsonntagmorgen https://rnakato.hatenablog.jp/ ChIP-seq NGS SAMtools 先日紹介したリードのマッピングの記事では、出力をSAM形式に指定していました。 rnakato.hatenablog.jp SAM形式はファイルサイズが非常に大きく読み込みにも時間がかかるので、バイナリ形式のSAMであるBAM形式が下流解析でよく利用されています。 ここではSAM形式をSAMtoolsを使ってBAM形式に変換します。 SAMtoolsのインストール Ubuntuであればaptでインストールできます（ややバージョンが古い）。 $ sudo apt install samtools Anacondaを使っている人であればcondaでもインストールできます。 $ c… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Frnakato.hatenablog.jp%2Fentry%2F2017%2F09%2F25%2F152509" title="SAMtoolsとリダイレクト - Palmsonntagmorgen" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> Hatena Blog https://hatena.blog 2017-09-25 15:25:09 rich https://rnakato.hatenablog.jp/entry/2017/09/25/152509 1.0 100%