rnakato https://blog.hatena.ne.jp/rnakato/ Palmsonntagmorgen https://rnakato.hatenablog.jp/ ChIP-seq Linux NGS BEDtoolsの作者は開発熱心なので、できることがどんどん増えているような気がします。 手元のバージョンはv2.27.1です。 前準備 多くのコマンドはsorted BEDを要求しますので、事前に以下のコマンドで全てのBEDをソートしておくとストレスがないかと思います。 $ sort -k1,1 -k2,2n in.bed > in.sorted.bed 更に、いくつかのコマンドにはGenome tableファイルが必要になります。 Genome tableの作成は以下の記事を参照してください。 genome tableを作成する - Palmsonntagmorgen a.bedに含まれる… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Frnakato.hatenablog.jp%2Fentry%2F2018%2F01%2F16%2F114836" title="BEDtoolsワンライナー覚書 - Palmsonntagmorgen" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> Hatena Blog https://hatena.blog 2018-01-16 11:48:36 rich https://rnakato.hatenablog.jp/entry/2018/01/16/114836 1.0 100%