rnakato https://blog.hatena.ne.jp/rnakato/ Palmsonntagmorgen https://rnakato.hatenablog.jp/ ChIP-seq NGS 品質評価 これは前回の記事の続きですので、未読の方はそちらから読んでください。 Cross-correlation profile Cross-correlation profile (以下CCP)はENCODEのグループによって提案されたS/N比計測手法です*1。 CCPは、順鎖ー逆鎖間のマップリード分布の「ずれ」を利用します。 この図で示すように、シーケンサはChIPで得られたDNA断片の片端を固定長で読むため、順鎖と逆鎖にマップされるリード分布にはDNA断片長（約150塩基対）ぶんだけ「ずれ」が発生します。得られるピークも順鎖と逆鎖でずれが起きますので、全てのピーク抽出ツールはこのずれを内部で補正… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Frnakato.hatenablog.jp%2Fentry%2F2018%2F03%2F23%2F125747" title="S/N比の評価手法　その2 Cross-correlation profile - Palmsonntagmorgen" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> https://cdn-ak.f.st-hatena.com/images/fotolife/r/rnakato/20180322/20180322194823.png Hatena Blog https://hatena.blog 2018-03-23 12:57:47 rich https://rnakato.hatenablog.jp/entry/2018/03/23/125747 1.0 100%