rnakato https://blog.hatena.ne.jp/rnakato/ Palmsonntagmorgen https://rnakato.hatenablog.jp/ ChIP-seq DROMPA NGS DROMPA3を用いたリードプロファイルの描画です。 ここでプロファイルと呼んでいるものは、遺伝子回り、あるいはピーク回りにおけるマップリードの平均分布のことで、aggregation plotと呼ばれることもあります。 全遺伝子や全ピークの平均値として見ることにより、通常のピーク抽出では得られない微小なリードの濃縮を捉えたり、発現遺伝子群と非発現遺伝子群の間でのリード濃縮の違いを可視化することができます。 インストール DROMPA3のインストール方法はこの記事を参照してください。 PROFILEコマンドは内部でRスクリプトを実行しますので、Rが必要になります。 Genome table作成… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Frnakato.hatenablog.jp%2Fentry%2F2018%2F05%2F19%2F143338" title="DROMPA3: その9 リードプロファイル - Palmsonntagmorgen" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> https://cdn-ak.f.st-hatena.com/images/fotolife/r/rnakato/20180519/20180519131741.png Hatena Blog https://hatena.blog 2018-05-19 14:33:38 rich https://rnakato.hatenablog.jp/entry/2018/05/19/143338 1.0 100%