rnakato https://blog.hatena.ne.jp/rnakato/ Palmsonntagmorgen https://rnakato.hatenablog.jp/ RNA-seq Genome NGS みなさんgtfファイルからrefFlatに変換する時ってどうされてるんですかね？Rを使っている？ 自分は自作のツール "gtf2refFlat" を使っているので、ここではそれを紹介します。 gtf形式については↓をご覧ください。 https://bi.biopapyrus.jp/rnaseq/mapping/gtf.html gtfファイルは最も詳細な遺伝子アノテーションと思いますが、1行1遺伝子にはなっていないので使いづらいことがあります。 私が作ったツール群はだいたい遺伝子アノテーションファイルをrefFlat形式で受け付けているのですが、EnsemblはrefFlat形式を提供していな… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Frnakato.hatenablog.jp%2Fentry%2F2019%2F07%2F16%2F155133" title="gtfファイルからrefFlat形式への変換 - Palmsonntagmorgen" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> Hatena Blog https://hatena.blog 2019-07-16 15:51:33 rich https://rnakato.hatenablog.jp/entry/2019/07/16/155133 1.0 100%