skume https://blog.hatena.ne.jp/skume/ 京橋のバイオインフォマティシャンの日常 https://skume.net/ バーチャルスライド画像 Mac 画像解析 - Fiji/ImageJ 画像解析 - NDPITools Terminalコマンド - ndpisplit Terminalコマンド - wget Terminalコマンド - which Terminalコマンド - chmod Terminalコマンド - open Terminalコマンド - mkdir Terminalコマンド - mv Terminalコマンド - cd はじめに NDPIToolsのセットアップ NDPIテストファイルのダウンロード ndpisplitコマンドを用いたNDPIファイルの展開 Fiji/ImageJでのCompress TIFFのインポート&エクスポート ImageJマクロでの実行 まとめ ImageJ & 画像解析に関する入門書 補足 Fiji/ImageJのPluginsを使った画像抽出 参考資料 はじめに 今回、バーチャルスライドスキャナー画像（.ndpi）の取り扱い方を取り上げる。 .ndpiという画像フォーマットは、浜松ホトニクス社が提供するHamamatsu formatの１つである。 NDPIファイルは「独自メタデ… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fskume.net%2Fentry%2F2020%2F10%2F12%2F003500" title="バーチャルスライドスキャナー画像（.ndpi）からオリジナルTIFFイメージを取り出す際のTips〜ギガバイトイメージの画像解析入門〜 - 京橋のバイオインフォマティシャンの日常" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> https://cdn-ak.f.st-hatena.com/images/fotolife/s/skume/20220901/20220901222727.png Hatena Blog https://hatena.blog 2020-10-12 00:35:00 rich https://skume.net/entry/2020/10/12/003500 1.0 100%