amelieff https://blog.hatena.ne.jp/amelieff/ バイオインフォマティクス実践ラボ｜アメリエフ技術ブログ https://staffblog.amelieff.jp/ 次世代シーケンサ解析 先日、構造多型を解析するツールについてご紹介しました。 (Paired-end/Split-read/Complex) これらのツールの一部は、解析の際、シーケンスデータのinsert sizeの入力が必要です。 自ら実験して得たデータならinsert sizeはわかると思いますが、公共のデータベースの公開データはリード長は記載されていてもinsert sizeは不明な場合が多いです。 そこでinsert sizeを計算してくれるツールを調べていたところ、PicardsのCollectInsertSizeMetricsがありました。 BAM/SAMファイルからinsert sizeのヒストグラ… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fstaffblog.amelieff.jp%2Fentry%2F2014%2F01%2F08%2F150151" title="insert sizeを求める - バイオインフォマティクス実践ラボ｜アメリエフ技術ブログ" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> http://blog.image.s3.amazonaws.com/insertsize.png Hatena Blog https://hatena.blog 2014-01-08 15:01:51 rich https://staffblog.amelieff.jp/entry/2014/01/08/150151 1.0 100%