amelieff https://blog.hatena.ne.jp/amelieff/ バイオインフォマティクス実践ラボ｜アメリエフ技術ブログ https://staffblog.amelieff.jp/ バイオインフォマティクス RNA-seq解析におけるマッピングソフトウェアの選択肢は、TopHat一強から、STARもずいぶん多く使われるようになってきました。 性能や速度から、STAR一択！ と言い切る人もいますが、まだ根強くTopHatユーザもいるという印象です。 マッピングは解析の中でも、非常に重要ですが、実行時間がボトルネックということも多いので、マッピングソフトウェアの速度や精度は非常に気になるところですね。 STARでマッピングした後は、遺伝子発現解析を行うと思いますが、Cufflinksを使用される際は、「--outSAMstrandField intronMotif」オプションでXSタグを付ける必要があ… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fstaffblog.amelieff.jp%2Fentry%2F2016%2F03%2F31%2F142607" title="STARとCufflinks - バイオインフォマティクス実践ラボ｜アメリエフ技術ブログ" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> Hatena Blog https://hatena.blog 2016-03-31 14:26:07 rich https://staffblog.amelieff.jp/entry/2016/03/31/142607 1.0 100%