amelieff https://blog.hatena.ne.jp/amelieff/ バイオインフォマティクス実践ラボ｜アメリエフ技術ブログ https://staffblog.amelieff.jp/ バイオインフォマティクス RNA-seqのアライメントツールHISAT2についてご紹介します。 HISAT2は、当ブログ内でもたびたびご紹介してるTopHat2開発グループが作った、TopHat2の後継ソフトです。 TopHat2より速いしメモリもそんなに使わないとアピールしています。 ゲノムに対して小さなインデックスを細かく、たくさん作成することで効率的なマッピングをするということだそうです。 私はLinux環境で使うので、Linux用バイナリをダウンロードしてきて使ってみました。バージョンは2.0.4でした。 zipファイルを解凍したら、新しく作成されたディレクトリ内の"hisat2"、"hisat2-build"… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fstaffblog.amelieff.jp%2Fentry%2F2016%2F07%2F01%2F144419" title="HISAT2 - バイオインフォマティクス実践ラボ｜アメリエフ技術ブログ" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> Hatena Blog https://hatena.blog 2016-07-01 14:44:19 rich https://staffblog.amelieff.jp/entry/2016/07/01/144419 1.0 100%