onouek https://blog.hatena.ne.jp/onouek/ バイオインフォマティクス実践ラボ｜アメリエフ技術ブログ https://staffblog.amelieff.jp/ バイオインフォマティクス 次世代シーケンサ解析 レパトア解析 抗体のV(D)J配列のマッピングする場合には、BLASTのアルゴリズムを利用したIgBLASTはとても便利です。 しかし、FASTQファイルが使えないことや、出力結果が独自フォーマットであることなどから、扱いづらいと感じることもあります。 また、ローカルで実行する場合はデータベースを準備するのが面倒だったりします。 そんな難点を解消してよしなにしてくれるのがMiGMAPです。 特徴 FASTQファイルを入力として使える（クオリティによるフィルタリングができる） クローンタイプごとの頻度集計をしてくれる V, D, J各セグメントにおける変異を、塩基配列、アミノ酸配列それぞれでレポートしてくれる… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fstaffblog.amelieff.jp%2Fentry%2F2017%2F12%2F06%2F151323" title="IgBLASTのラッパーMiGMAP - バイオインフォマティクス実践ラボ｜アメリエフ技術ブログ" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> https://amelieff-esa-bucket.s3-ap-northeast-1.amazonaws.com/uploads/production/attachments/2943/2017/12/06/6738/ddde88e6-ebe7-4d8d-936a-b0becf3aedf6.png Hatena Blog https://hatena.blog 2017-12-06 15:13:23 rich https://staffblog.amelieff.jp/entry/2017/12/06/151323 1.0 100%