ufssf https://blog.hatena.ne.jp/ufssf/ もっと早く知っていれば良かった https://ufssf.hatenadiary.org/ lammps vmd lammpsで出力される.dump ファイルをVMDに食わせると、VMDはlammpsで指定した原子種別番号をそのままtype,Name変数に格納する。この状態では、VMDは原子の種類を正しく認識してないので、おかしな色でモデルを描画するということになる。なので、VMD Tk consoleから操作して、描画される原子を所望の色とVDW半径に直すこととする。まず、以下の内容のchangetype.tclファイルを作成する 例中の原子と番号の対応は、1:H,2:C,3:O,4:N set t1 [atomselect top {type 1}] #type xの原子を選択 set t2 [ato… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fufssf.hatenadiary.org%2Fentry%2F20110707%2F1310001420" title="VMD上で原子の色とスケールを調整する - もっと早く知っていれば良かった" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> https://cdn-ak.f.st-hatena.com/images/fotolife/u/ufssf/20110707/20110707103935.png Hatena Blog https://hatena.blog 2011-07-07 10:17:00 rich https://ufssf.hatenadiary.org/entry/20110707/1310001420 1.0 100%