t_kahi https://blog.hatena.ne.jp/t_kahi/ t_kahi’s blog https://www.t-kahi.com/ KNIME こんばんは，@PKです. 先日，複数のターゲット遺伝子に関連する構造情報をまとめて取得できないか，と同僚から相談されたので，KNIMEを使って遺伝子名からPDB IDを取得するKNIME Workflowを作成してみました． このWorkflowでは，構造情報が欲しいヒト遺伝子のシンボルが含まれたリストを投げると，タンパク質のPDB ID，取得手法(X-ray, NMR, EM...)，アミノ酸配列の長さ，登録年月等が出力されます． また，他種の構造情報も見れるように，homologe IDを使って，他種のgene IDも取得します． この構造情報を取得するKNIME Workflowの中身に… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fwww.t-kahi.com%2Fentry%2F2019%2F06%2F01%2F203215" title="【KNIME】遺伝子名からPDB IDをまとめて取得する - t_kahi’s blog" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> https://cdn-ak.f.st-hatena.com/images/fotolife/t/t_kahi/20190601/20190601185116.png Hatena Blog https://hatena.blog 2019-06-01 20:32:15 rich https://www.t-kahi.com/entry/2019/06/01/203215 1.0 100%