yokazaki https://blog.hatena.ne.jp/yokazaki/ yokaのblog https://yokazaki.hatenablog.com/ 研究 役立ち・備忘 前回よりもさらにマニアックなんだけど、備忘で書いておく。 USEARCHでNGSデータを分析するとき、454のMIDタグ付きのリードファイルであれば、前回の方法でそのまま処理できるんだけど、illuminaのリードの場合は、 ①ペアエンドのリードがそれぞれ別のfastqファイルで提供されている ②しかもフォワードとリバースが混ざっていて向きがそろっていないことがある ③シーケンサーからデータが出てくる段階でMIDタグごと（サンプルごと）に別のファイルに分割されて出てくることがある という違いがあるので、そのままでは"fastq_filter"コマンドで読むことができない。そこで以下のようなステ… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fyokazaki.hatenablog.com%2Fentry%2F2015%2F07%2F28%2F212629" title="USEARCHを使った16S rRNAアンプリコンシーケンス析② - yokaのblog" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> http://cdn-ak.f.st-hatena.com/images/fotolife/y/yokazaki/20150728/20150728212251.jpg Hatena Blog https://hatena.blog 2015-07-28 21:26:29 rich https://yokazaki.hatenablog.com/entry/2015/07/28/212629 1.0 100%